In Beieren werd Gisela hartelijk verwelkomd door de familie van Leopold. Haar vader Franz Joseph was een graag geziene gast in het Leopoldinpaleis. Haar jongere zus Marie Valerie kwam ook vaak op bezoek. Keizerin Elisabeth was meter en naamgever bij de doop van Gisela’s eerste dochter; Maar de moeder verbleef liever in een hotel dan bij haar dochter. In een spottend dagboekgedicht vergeleek Elisabeth haar dochter, die Gisela niet had kunnen kennen, met een ‘magere zeug’ wiens schattige kleine ‘biggetje’ (dat wil zeggen de kleinkinderen van Elisabeth) lijkt op het ‘papavarken’ (dat wil zeggen prins Leopold) ‘tot in het kleinste detail. laatste haar.” zou zijn geëvenaard.

Op 20 april 1873 trouwde Gisela met Prins Leopold van Beieren. Keizerin Sisi nam geen deel aan de huwelijksvoorbereidingen voor het huwelijk van Gisela.

Gisela en Leopold kregen samen vier kinderen:
– Elisabeth
– Augusta
– George
– Koenraad

Gisela was de steun en toeverlaat van haar vader, keizer Franz Joseph.

Gisela’s leven werd bepaald door sociale en kerkelijke betrokkenheid. Zo richtte ze tijdens de Eerste Wereldoorlog een militair hospitaal op in haar paleis in München. Na de ineenstorting moest ze met haar man München ontvluchten. Zelfs in Bad Ischl, waar ze met valse paspoorten aankwamen, werden ze vijandig behandeld door de Arbeiders- en Soldatenraad en werd hen als aristocratische parasieten het voedsel ontzegd dat ze nodig hadden.